Em Madagascar, quando as agências governamentais nacionais não têm recursos para governar as Áreas Marinhas Protegidas (AMPs), a gestão pode ser legalmente transferida para entidades locais para cogestão por membros da comunidade e organizações não governamentais (ONGs) nacionais ou internacionais. Usamos a Ferramenta de Governança de Recursos Naturais para quantificar a eficácia da governança de três AMPs sob esse modelo de cogestão em Madagascar com base nos atributos críticos de autoridade, capacidade e poder. Descobrimos que os grupos de governança de uma AMP no sudoeste, uma área de intensa pressão de pesca sobre recifes de corais, possuem capacidades moderadas a baixas para gestão de recursos marinhos com relação à autoridade (0.567), capacidade (0.638) e poder (0.49), indicando algum sucesso, mas também espaço para melhorias. Em contraste, a capacidade de governança foi notavelmente deficiente em duas AMPs no noroeste, conforme refletido por sua baixa autoridade, pontuações negativas de capacidade e poder insuficiente. Em seguida, usamos o Sistema de Classificação Baseado em Regulamentação para avaliar o nível de proteção das AMPs. Descobrimos que, embora as AMPs apresentem várias zonas com base nos usos permitidos, as áreas designadas para uso extrativo estão em risco devido a atividades exploratórias e violação recorrente de regulamentações, sugerindo que a aplicação das regras fornece apenas proteção moderada. O principal fator contribuinte para essas infrações foi a aplicação inadequada de regulamentações pelos grupos de governança. No geral, a eficácia da governança local das AMPs em Madagascar é variável, mas fraca sob as estruturas de cogestão estudadas aqui, com melhorias significativas necessárias na capacidade de governança. Sugerimos que cada parte interessada seja responsável por realizar atividades que se alinhem com suas missões principais e correspondam às suas competências, mas que os grupos de governança da comunidade local devem permanecer como a base da gestão.