A gestão sustentável das pescas exige uma avaliação regular e fiável do estado das unidades populacionais. No entanto, a maioria das pescarias multiespecíficas em recifes em todo o mundo tendem a carecer de capacidade de investigação e monitorização, impedindo a estimativa de pontos de referência sustentáveis contra os quais as unidades populacionais possam ser avaliadas. Aqui, combinando dados de biomassa de peixes para mais de 2000 recifes de coral, estimamos pontos de referência sustentáveis específicos do local para a pesca em recifes de coral e usamos estes e as estimativas de captura disponíveis para avaliar o estado dos estoques globais de peixes em recifes de coral. Revelamos que mais de 50% dos locais e jurisdições com informações disponíveis têm unidades populacionais que suscitam preocupação em termos de conservação, tendo falhado em pelo menos um parâmetro de referência de sustentabilidade da pesca. Quantificamos as compensações entre a biodiversidade, o comprimento dos peixes e as funções dos ecossistemas em relação aos principais parâmetros de referência e destacamos os benefícios ecológicos do aumento da sustentabilidade. A nossa abordagem produz pontos de referência sustentáveis multiespécies para a pesca em recifes de coral utilizando condições ambientais, um meio promissor para melhorar a sustentabilidade da pesca em recifes de coral a nível mundial.