Siklon tropika boleh menyebabkan kemusnahan teruk terumbu karang dengan akibat ekologi bagi komuniti ikan terumbu. Pemanasan lautan diramalkan akan memendekkan selang waktu kembali untuk siklon tropika yang kuat. Memahami akibat kesan taufan ke atas terumbu karang adalah penting untuk memaklumkan pengurusan skala tempatan untuk menyokong daya tahan terumbu dan keselamatan mata pencarian komuniti nelayan skala kecil. Di sini, kami membentangkan analisis pertama gangguan siklon tropika pada terumbu karang di Madagascar. Kami menyiasat kesan Taufan Haruna (kategori 3 skala Saffir-Simpson) pada Februari 2013 ke atas komuniti karang, kedua-dua orang dewasa dan rekrut, dan meneroka hubungan antara keterukan hentaman siklon dengan parameter siklon (kelajuan angin, tempoh hentaman ribut dan jarak daripada trek siklon) dan pembolehubah persekitaran (jenis terumbu dan kedalaman terumbu). Kami menggunakan data tinjauan yang dikumpul sebagai sebahagian daripada program pemantauan sains warganegara jangka panjang di 21 tapak terumbu karang antara 2012 dan 2015 di Kawasan Marin Diuruskan Secara Tempatan Velondriake di sepanjang pantai barat daya Madagascar. Tutupan karang merosot di 19 tapak, namun kerosakan adalah heterogen dari segi ruang antara penurunan litupan karang sebanyak 1.4% hingga 45.8%. Kami mendapati keterukan kerosakan siklon berkaitan dengan: jarak dari trek siklon, tempoh hentaman siklon dan kedalaman terumbu. Komposisi taksonomi dan morfologi komuniti karang adalah berbeza dengan ketara selepas taufan. Terutama, terdapat penurunan dalam penguasaan morfologi percabangan, dan peningkatan dalam kelimpahan relatif morfologi bertatah dan besar-besaran. Dua tahun selepas Taufan Haruna, purata litupan karang telah meningkat dan kepadatan rekrut karang meningkat kepada paras pra-siklon yang menunjukkan potensi pemulihan populasi karang. Walau bagaimanapun, pemulihan kepada komposisi komuniti pra-gangguan mungkin akan terhalang oleh peningkatan kejadian gangguan akut dan kronik.