Os ciclones tropicais podem causar destruição severa dos recifes de coral com consequências ecológicas para as comunidades de peixes recifais. Prevê-se que o aquecimento do oceano encurte o intervalo de retorno para fortes ciclones tropicais. Compreender as consequências dos impactos do ciclone nos recifes de coral é fundamental para informar a gestão em escala local para apoiar a resiliência dos recifes e a segurança dos meios de subsistência das comunidades pesqueiras de pequena escala. Aqui, apresentamos a primeira análise de um distúrbio de ciclone tropical em recifes de coral em Madagascar. Investigamos o impacto do ciclone Haruna (categoria 3 da escala Saffir-Simpson) em fevereiro de 2013 em comunidades de corais, adultos e recrutas, e exploramos a relação entre a gravidade do impacto do ciclone com os parâmetros do ciclone (velocidade do vento, duração do impacto da tempestade e distância da trilha do ciclone) e variáveis ambientais (tipo de recife e profundidade do recife). Usamos dados de pesquisa coletados como parte de um programa de monitoramento de ciência cidadã de longo prazo em 21 locais de recifes de coral entre 2012 e 2015 na Área Marinha Gerenciada Localmente de Velondriake ao longo da costa sudoeste de Madagascar. A cobertura de corais diminuiu em 19 locais, no entanto, os danos foram espacialmente heterogêneos, variando de uma diminuição na cobertura de corais de 1.4% a 45.8%. Encontramos a gravidade dos danos do ciclone relacionadas a: distância da trilha do ciclone, duração do impacto do ciclone e profundidade do recife. A composição taxonômica e morfológica das comunidades de corais foi significativamente diferente após o ciclone. Notavelmente, houve uma diminuição na dominância de morfologias ramificadas e um aumento na abundância relativa de morfologias incrustantes e maciças. Dois anos após o ciclone Haruna, a cobertura média de corais aumentou e a densidade de recrutas de corais aumentou para níveis acima do pré-ciclone, indicando a potencial recuperação das populações de corais. No entanto, a recuperação da composição da comunidade pré-distúrbio provavelmente será prejudicada pela crescente ocorrência de eventos de distúrbios agudos e crônicos.