Pengangkutan air hangat sesekali ke barat dari Arus Agulhas, "kebocoran Agulhas", di sekitar Afrika selatan telah disarankan untuk memfasilitasi konektivitas laut tropis antara Samudra Atlantik dan Hindia, tetapi hipotesis "kebocoran Agulhas" tidak menjelaskan tanda-tanda gen ke arah timur aliran diamati di banyak fauna laut tropis. Kami menyelidiki hipotesis alternatif: pembentukan koridor air hangat selama periode interglasial yang relatif hangat. Hipotesis "koridor air hangat" diselidiki dengan mempelajari struktur genom populasi penyu hijau Atlantik dan Samudra Hindia Barat Daya (N = 27) menggunakan 12,035 polimorfisme nukleotida tunggal (SNP) genom-lebar yang diperoleh melalui sekuensing ddRAD. Pengelompokan berbasis model dan multivariat menyarankan struktur populasi hierarkis dengan dua klaster utama Atlantik dan Samudra Hindia Barat Daya, dan sub-klaster Karibia dan Atlantik Timur bersarang di dalam klaster Atlantik. Pemilihan model berbasis koalesen mendukung model di mana populasi Samudra Hindia Barat Daya dan Karibia menyimpang dari populasi Atlantik Timur selama transisi dari periode interglasial terakhir (130–115 ribu tahun yang lalu; kya) ke periode glasial terakhir (115–90 kya) . Awal glasiasi terakhir muncul untuk mengisolasi penyu hijau Atlantik dan Samudra Hindia Barat Daya menjadi tiga tempat perlindungan, yang kemudian melakukan kontak sekunder di Karibia dan Samudra Hindia Barat Daya ketika suhu global meningkat setelah Maksimum Glasial Terakhir. Temuan kami mendukung pembentukan koridor air hangat yang memfasilitasi konektivitas laut tropis antara Atlantik dan Samudra Hindia Barat Daya selama interglasial hangat.