Siklon tropis dapat menyebabkan kerusakan parah terumbu karang dengan konsekuensi ekologis bagi komunitas ikan karang. Pemanasan laut diperkirakan akan memperpendek interval kembalinya siklon tropis yang kuat. Memahami konsekuensi dampak topan pada terumbu karang sangat penting untuk menginformasikan pengelolaan skala lokal untuk mendukung ketahanan terumbu karang dan keamanan mata pencaharian komunitas nelayan skala kecil. Di sini, kami menyajikan analisis pertama gangguan siklon tropis pada terumbu karang di Madagaskar. Kami menyelidiki dampak Topan Haruna (kategori 3 skala Saffir-Simpson) pada Februari 2013 pada komunitas karang, baik dewasa maupun rekrut, dan mengeksplorasi hubungan antara tingkat keparahan dampak siklon dengan parameter siklon (kecepatan angin, durasi dampak badai dan jarak dari jalur siklon) dan variabel lingkungan (tipe terumbu dan kedalaman terumbu). Kami menggunakan data survei yang dikumpulkan sebagai bagian dari program pemantauan ilmu pengetahuan warga jangka panjang di 21 situs terumbu karang antara 2012 dan 2015 di Kawasan Laut yang Dikelola Secara Lokal Velondriake di sepanjang pantai barat daya Madagaskar. Tutupan karang menurun di 19 lokasi, namun kerusakan secara spasial heterogen mulai dari penurunan tutupan karang sebesar 1.4% hingga 45.8%. Kami menemukan tingkat keparahan kerusakan topan terkait dengan: jarak dari jalur topan, durasi dampak topan dan kedalaman terumbu. Komposisi taksonomi dan morfologi komunitas karang berbeda nyata setelah siklon. Khususnya, ada penurunan dominasi morfologi percabangan, dan peningkatan kelimpahan relatif morfologi encrusting dan masif. Dua tahun setelah Topan Haruna, rata-rata tutupan karang meningkat dan kepadatan rekrutan karang meningkat hingga di atas tingkat pra-siklon yang menunjukkan potensi pemulihan populasi karang. Namun, pemulihan komposisi komunitas pra-gangguan kemungkinan akan terhambat oleh meningkatnya kejadian gangguan akut dan kronis.