O transporte ocasional de água quente para oeste da Corrente de Agulhas, "vazamento de Agulhas", ao redor da África meridional foi sugerido para facilitar a conectividade marinha tropical entre os oceanos Atlântico e Índico, mas a hipótese de "vazamento de Agulhas" não explica as assinaturas do gene para leste fl uxo observado em muitas faunas marinhas tropicais. Investigamos uma hipótese alternativa: o estabelecimento de um corredor de água quente durante períodos interglaciais comparativamente quentes. A hipótese do “corredor de água quente” foi investigada através do estudo da estrutura genômica da população de tartarugas verdes do Atlântico e do Sudoeste do Oceano Índico (N = 27) usando 12,035 polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) de todo o genoma obtidos via sequenciamento ddRAD. O agrupamento baseado em modelo e multivariado sugeriu uma estrutura populacional hierárquica com dois aglomerados principais do Atlântico e do Sudoeste do Oceano Índico, e um subconjunto do Caribe e do Atlântico Leste aninhado no aglomerado do Atlântico. A seleção do modelo baseado em coalescente apoiou um modelo em que as populações do sudoeste do Oceano Índico e do Caribe divergiram da população do Atlântico Leste durante a transição do último período interglacial (130–115 mil anos atrás; kya) para o último período glacial (115–90 kya) . O início da última glaciação pareceu isolar as tartarugas verdes do Atlântico e do Sudoeste do Oceano Índico em três refúgios, que posteriormente entraram em contato secundário no Caribe e no Sudoeste do Oceano Índico quando as temperaturas globais aumentaram após o Último Máximo Glacial. Nossas descobertas apóiam o estabelecimento de um corredor de água quente facilitando a conectividade marinha tropical entre o Atlântico e o sudoeste do Oceano Índico durante interglaciais quentes.